Apesar de todo esse esforço e de toda experiência acumulada pela Brigada Voluntária da Reserva na prevenção com realização dos aceiros mecânicos e negros e no combate a incêndios que atingem a Reserva e áreas vizinhas, três grandes incêndios já atingiram a Reserva Ecológica do IBGE, provocando expansão na distribuição de plantas exóticas invasoras, expansão das áreas de capoeiras e destruição de parte do patrimônio histórico da área.
O primeiro deles ocorreu em outubro de 1994 e consumiu cerca de 60% dos 1400 hectares que compõem a área protegida. Era 03 de outubro, dia de eleições presidenciais e apenas parte da Brigada estava na Reserva no momento do fogo. O combate, iniciado após o fogo já forte e grande, continuou no dia seguinte, 04 de outubro.
O segundo grande incêndio foi registrado entre os dias entre os dias 19 e 22 de setembro de 2005 e queimou aproximadamente metade da Reserva. O trabalho eficiente dos brigadistas do IBGE, com o apoio dos militares do Corpo de Bombeiros Militares do DF e outros parceiros, foi decisivo para que a outra metade da unidade fosse preservada do fogo2.
O terceiro e último grande incêndio ocorreu em 2011 e nele mais de 90% da Reserva foi queimada. Devido à grande intensidade, o fogo atingiu inclusive as matas de galeria e chegou a destruir uma edificação histórica conhecida como Casa Azul, que era utilizada inicialmente como apoio de campo e posteriormente como alojamento para pesquisa. Destruiu também o moinho de cana, situado na antiga Chácara do Engenho3 e o viveiro de mudas do IBGE.
Segundo os registros históricos, as ocorrências de incêndios florestais são mais constantes no entorno da DF 001 e áreas urbanas vizinhas à Zona de Preservação da Vida Silvestre da APA das Bacias Gama e Cabeça de Veado, decorrentes do fogo proposital, criminoso ou do descontrole decorrente da queima de podas de jardim. O Jardim Botânico de Brasília tem sido a área protegida mais atingida por incêndios florestais na APA.
1- Em 1998, também no dia de eleição presidencial, 04 de outubro, outro incêndio foi registrado na Reserva. A atuação da Brigada foi eficiente e a área queimada não foi tão grande como o de 1994.
2- Após esses quatro dias de incêndio, o fogo subterrâneo continuou queimando ainda por quase 1 mês, castigando a Mata do Roncador e da Mata do Taquara. Ainda hoje é possível reconhecer as marcas desse incidente nas veredas e bordas das matas.
3- Anteriormente à criação da Reserva Ecológica, as chácaras circunscritas à área doada ao IBGE eram utilizadas pelos servidores do IBGE para atividades rotineiras como plantio de roças, hortas, produção de garapa, fabricação de rapadura, etc.