Peixes
A coleção de Peixes da Reserva foi implementada em 1984, objetivando tornar-se uma “Coleção de Referência” dos peixes das cabeceiras das três grandes bacias hidrográficas do Bioma Cerrado (Araguaia-Tocantins; São Francisco e Paranaíba).
Até 1994, a coleção havia incorporado 1.700 lotes referentes à cerca de 100 espécies nativas dos ecossistemas aquáticos do Distrito Federal. Nesta primeira fase, as maiores contribuições foram provenientes de:
(a) Pesquisa Ecológica de Longa Duração estabelecida na unidade hidrográfica do ribeirão Gama, manancial sul do lago Paranoá de Brasília, com vistas a estudar as flutuações espaço-temporais na estrutura e função de suas comunidades de peixes em áreas preservadas e em áreas sob diferentes alterações antrópicas;
(b) estudos ecológicos localizados em tributários dos reservatórios do Paranoá e Descoberto e dos rios São Bartolomeu, Melchior e Ponte Alta, além de
(c) coletas esporádicas em alguns afluentes dos rios Maranhão e Preto.
Entre 1996 e 1998, a coleção dobrou de tamanho, incorporando material proveniente de mais de 400 pontos de coletas distribuídos por todas as unidades hidrográficas pertencentes às três grandes bacias do Bioma Cerrado, que nascem no Distrito Federal e drenam para a sua Região do Entorno. Até o final de 1999, a coleção será composta de aproximadamente 4.000 lotes referentes às 250 espécies de peixes nativas da região.
Desde 1995, as informações relativas aos primeiros 1.700 lotes da coleção encontram-se informatizadas, permitindo gerar os seguintes relatórios temáticos: (a) grupos taxonômicos (espécies, gêneros, famílias, ordens); (b) localidades (pontos de coleta, unidades hidrográficas, sub-bacias, bacias); (c) tipos de ecossistemas aquáticos (córrego, ribeirão, rio de planalto, brejo/vereda, lagoa natural, reservatório); é possível obter ainda informações sobre habitats, microábitat e aparelhos de captura utilizados. As informações relativas aos demais lotes devem ser informatizadas até o final de 1999.
Aves
A Coleção de Aves é composta por 765 indivíduos taxidermizados e ovos de 360 espécies e subespécies. Embora a maior parte dos exemplares seja proveniente de coletas realizadas no Distrito Federal e entorno entre 1970 e 1990, a Coleção de Aves conta também com material proveniente de mais de 140 localidades em vários Estados brasileiros, e também da Colômbia, América Central, América do Norte e Japão. Na Coleção de Aves são encontrados exemplares recebidos por doação datando das décadas de 20 a 60, com as últimas coletas e incorporações tendo ocorrido em 1990.
Insetos
A Coleção Entomológica da Reserva Ecológica do IBGE conta com cerca de 70.000 exemplares de insetos montados. Os exemplares em via seca estão acondicionados em ambiente climatizado, em gavetas entomológicas com boa vedação. Além do material local, a Coleção de insetos também conta com exemplares provenientes de coletas e doações de todas as regiões do Brasil. À exceção dos 183 exemplares de séries-tipo, representando 33 espécies de Hymenoptera e Odonata, a coleção entomológica não se encontra informatizada. Os esforços de informatização se iniciarão pelos exemplares dos grupos mais bem estudados e representados da coleção, progredindo então para os espécimes de grupos menores.
Mamíferos
A Coleção de Mamíferos compreende 251 exemplares representados por crânios, conteúdos estomacal e intestinal, esqueletos e peles além de mais de 100 moldes de pegadas. A Coleção de Mamíferos é composta exclusivamente por espécies do Cerrado, principalmente do Distrito Federal, mas também de Goiás e Minas Gerais. As primeiras coletas datam de 1970 e as últimas de 1997.
Tanto a coleção de Aves quanto a de Mamíferos se encontram informatizadas em planilhas eletrônicas, em processo de revisão para a sua migração para software específico para gestão de dados de coleções biológicas, permitindo a atualização das definições taxonômicas, acesso facilitado às informações e a posterior publicação de seus dados na internet.